Le feu s'est déclaré vers 01h55 du matin (17h55 GMT dimanche) et s'est rapidement propagé à une quarantaine de bateaux, sans faire de victimes, selon la police locale.
«Jusqu'ici, il n'y a ni morts ni blessés», a déclaré à l'AFP, un porte-parole de la police, Hengky Widjaja.
Des images du port de Benoa, proche du quartier touristique de Kuta, montraient d'épaisses flammes pendant la nuit et une énorme colonne de fumée noire s'échappant dans l'atmosphère.
Les pompiers étaient toujours à l'œuvre dans la matinée pour tenter de circonscrire l'incendie.
De leur côté, les enquêteurs poursuivent leurs investigations pour tenter de déterminer la cause du sinistre. Des témoins soupçonnent un feu d'origine électrique.
Les incendies accidentels sont fréquents en Indonésie, archipel d'Asie du Sud-Est où les normes de sécurité sont souvent négligées.