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La pollution par les margines, liquide résiduel produit par le processus de trituration des olives lors de l'extraction de l'huile, est à ce point préoccupante que le Programme national de prévention et de lutte contre la pollution industrielle lui consacre tout un chapitre. Dans la province de Taounate, ce sont 21 unités de trituration d'olive qui se sont vues, depuis 2013, interdites d'exercer pour «non-respect des normes environnementales en vigueur», selon Zahra El Bouzidi, chef du service d’urbanisme et d’environnement citée par la MAP. Vingt-six autres, sur un total de 82 que compte cette province de la région Fès-Meknès, ont été autorisées à exercer leurs activités avant la promulgation des lois sur le respect de l’environnement. Le comité technique chargé du contrôle a effectué 34 visites aux unités de trituration durant les deux dernières années.
Une unité modèle de traitement de la margine à Sidi Yahya Bni Zaroual, cercle de Ghafsai, qui devrait coûter 4 millions de DH, est en cours de réalisation. Ce projet est financé par l’Agence hydraulique du bassin de Sebou. À Meknès, une opération d'écologisation des huileries, réalisée en septembre 2016, révèle que les huileries ayant une attitude «conforme» ne représentent que 22,64% des 53 unités de trituration étudiées. En plus de leur faible capacité de traitement des olives, seulement 29% du total contre 71% sont assurés par le secteur moderne. Dans un rapport de 2014 sur les sources de pollution de l'eau au Maroc, le département de l'Eau indique que la concentration des sucreries et des huileries dans les bassins du Sebou et de l’Oum Er-Rbia occasionne régulièrement des incidents écologiques durant les saisons oléicole et sucrière».
Ce document évoque même l'arrêt de fonctionnement des stations de traitement de l’eau potable par les rejets des huileries. D'autre part, une étude réalisée en 2011 à Marrakech par les départements des sciences de la terre de la Faculté des sciences, sur la pollution de l'eau potable par les margines a révélé que «la pollution par les margines est manifestement observée grâce à leur teneur en polyphénols située entre 1,76 et 7,47 mg par litre, qui dépassent généralement la norme fixée par le Conseil national de l’environnement (0,01 mg/l) pour la qualité des eaux destinées à la production de l’eau potable. Au niveau national, la pollution causée par les pressoirs à olives représente la moitié de la charge de polluants issue de l’industrie alimentaire avaient fait savoir les participants d'une journée d'étude, en en 2015 à Ouezzane sur les options de valorisation des résidus des broyeurs d’olives.
