Antibiotiques : une seule prise pourrait perturber l’intestin jusqu’à 8 ans (étude)

Indispensables pour traiter de nombreuses infections, les antibiotiques peuvent aussi perturber durablement l’équilibre du microbiote intestinal, cet univers de milliards de bactéries essentiel à la digestion, à l’immunité et à l’équilibre global de l’organisme. C’est ce que révèle une étude récente menée par une équipe internationale de chercheurs et publiée dans la revue scientifique Nature Medicine. Les scientifiques ont analysé les données de 14.979 adultes en Suède, en croisant les informations issues des prescriptions d’antibiotiques avec l’analyse génétique des bactéries présentes dans leur intestin.

L’objectif des chercheurs était d’examiner si les antibiotiques pouvaient laisser une empreinte durable sur le microbiote. Pour cela, ils ont étudié les traitements pris jusqu’à huit ans avant l’analyse des échantillons intestinaux, afin de mesurer l’évolution de la flore bactérienne au fil du temps.

Les résultats mettent en évidence une tendance claire : l’usage d’antibiotiques est associé à une baisse de la diversité des bactéries intestinales, un élément considéré comme fondamental pour la stabilité du microbiote et pour la santé globale. Plus cette diversité est élevée, plus l’écosystème intestinal est résistant aux déséquilibres.

Sans surprise, les effets les plus marqués apparaissent dans l’année suivant la prise d’un antibiotique. Mais l’étude révèle surtout un phénomène plus inattendu : des modifications du microbiote ont également été observées un à quatre ans après le traitement, et même quatre à huit ans plus tard. Autrement dit, l’empreinte de certains antibiotiques pourrait persister bien au-delà de la période de traitement.

Les chercheurs soulignent également que tous les antibiotiques n’ont pas le même impact. Les effets les plus importants ont été associés à certaines classes de médicaments, notamment la clindamycine, les fluoroquinolones et la flucloxacilline, qui semblent modifier profondément la composition du microbiote.

Dans certains cas, un traitement récent par clindamycine était lié à la disparition d’environ 47 espèces bactériennes dans l’intestin. Les analyses montrent par ailleurs qu’une seule cure d’antibiotiques peut suffire à entraîner des modifications détectables du microbiote plusieurs années après la prise du médicament.

Des risques potentiels pour la santé

Ces perturbations du microbiote pourraient avoir des conséquences sur la santé. Les chercheurs ont observé que certaines bactéries devenant plus abondantes après l’usage d’antibiotiques ont déjà été associées dans d’autres études à un risque plus élevé d’obésité, de diabète de type 2 ou de maladies cardiovasculaires.

D’autres travaux ont également suggéré un lien entre l’usage fréquent d’antibiotiques et les maladies inflammatoires de l’intestin ou le cancer colorectal. Les scientifiques précisent cependant que leur étude ne prouve pas que les antibiotiques provoquent directement ces maladies. Elle montre plutôt que les modifications du microbiote pourraient être un élément à prendre en compte dans ces associations.

Les chercheurs ont aussi constaté que le microbiote peut commencer à se reconstituer après la prise d’antibiotiques, mais que la récupération n’est pas toujours complète. Elle semble relativement rapide durant les premières années, puis ralentit avec le temps.

Ces résultats « ne remettent pas en cause l’utilité des antibiotiques, qui restent essentiels pour traiter de nombreuses infections », souligne l’étude. Les auteurs rappellent toutefois que ces médicaments doivent être utilisés avec prudence et uniquement lorsqu’ils sont nécessaires.

Jusqu’à présent, la limitation de l’usage des antibiotiques était surtout motivée par la lutte contre l’antibiorésistance, c’est-à-dire la capacité des bactéries à devenir résistantes aux traitements. Cette étude suggère qu’il existe également un autre enjeu : leurs effets possibles à long terme sur l’équilibre du microbiote intestinal, un élément de plus en plus reconnu comme central pour la santé humaine.