Ces fortes pluies devraient durer jusqu'à dimanche dans une large partie du sud-ouest ainsi qu'au centre et à l'Est de l'archipel, a mis en garde l'Agence de météorologie nationale.
«Cela pourrait atteindre par intermittence une ampleur record plusieurs jours d'affilée», a-t-elle prévenu.
Le Japon est souvent traversé par d'importants fronts pluvieux en plus des typhons qui le balayent régulièrement en été.
Des ordres d'évacuations ont été émis jeudi pour plusieurs parties de Kyoto, Kobe et autres localités de l'ouest.
Des recommandations de rejoindre un refuge ont également été données à des dizaines de milliers d'habitants de maisons où les risques sont actuellement modérés mais pourraient devenir rapidement importants.