L'épicentre de la secousse a été localisé à 23 km de Héraklion, chef-lieu de l'île, près du village touristique d'Agia Galini, a précisé la même source.
Selon le sismologue de l'Observatoire d'Athènes, Vassilis Karastassis, le séisme a eu lieu à 04h40 GMT à une profondeur de 66 km, «ce qui ne suscite pas d'inquiétudes».
Il intervient 12 jours après le tremblement de terre du 19 juillet qui avait été fortement ressenti dans la capitale Athènes.
La Grèce est située sur d'importantes failles géologiques et les tremblements de terre y sont fréquents, le plus souvent sans faire de victimes.
En juillet 2017, un séisme de magnitude 6,7 sur l'île de Kos, dans la mer Egée, avait provoqué la mort de deux personnes et d'importants dégâts.
En 1999, quelque 143 personnes avaient péri dans un séisme de magnitude 5,9 à Athènes et dans sa région.