Société

Covid-19

Détection des cas Omicron : Les analyses de séquençage peuvent coûter entre 1500 et 2500 DH

Hajjar El  Haïti Hajjar El Haïti,

Le séquençage permet de décrypter le génome du virus présent dans l'organisme

Le séquençage permet de décrypter le génome du virus présent dans l'organisme

La détection des nouveaux cas d’Omicron au Maroc passe par trois étapes : le test PCR, le criblage et le séquençage. Ce dernier est un processus long et coûteux. Selon les experts contactés par «Le Matin», la complexité de ces analyses serait d’ailleurs à l’origine du retard de la détection de nouveaux cas confirmés d’Omicron.

Depuis quelques jours, la courbe épidémiologique nationale emprunte une trajectoire inquiétante. Plus de 2.000 cas de Covid-19 ont été enregistrés entre le 17 et le 23 décembre. Ce n’est jamais arrivé depuis la fin de la vague Delta en octobre dernier. Face à la multiplication des cas qui coïncide avec l’apparition du variant Omicron au Maroc, une question se répète souvent : S’agit-il de cas Delta ou Omicron ? Il faut savoir que la réponse à cette question, qui suscite la curiosité de nombreuses personnes, n’est pas aussi facile. Et pour cause, la complexité du processus des analyses de séquençage qui permettent de trancher et dire de quel variant il s’agit. «Le séquençage, qui permet de décrypter le génome du virus présent dans l'organisme, est un processus assez long et compliqué. En effet, ces analyses de séquençage prennent pas moins de quatre jours avant de connaître le résultat, ce qui expliquerait le retard de l’annonce de nouveaux cas Omicron au Maroc», déclare au «Matin» Dr Hicham Oumzil, chef du département de virologie à l'Institut national d'hygiène (INH). Il est à noter que la détection des nouveaux cas d’Omicron au Maroc passe par trois étapes, à savoir le test PCR, le criblage et le séquençage (www.lematin.ma).

Ce processus est non seulement long et compliqué, mais aussi coûteux. «L’analyse pour déterminer le variant Omicron se termine par le séquençage soit du gène S (Spike) ou du génome complet par NGS (séquençage nouvelle génération). Ce dernier coûte entre 1.500 et 2.000 DH. Le séquençage Sanger du gène S coûte, quant à lui, 2.500 DH par échantillon», nous affirme Pr El Mustapha El Fahim, directeur de la plateforme génomique fonctionnelle du CNRST. «La procédure de séquençage dépend de plusieurs paramètres tels que la qualité de l’extraction du matériel génétique, la qualité de l’amplification... mais en général le taux de réussite d’un séquençage NGS est entre 90 à 95%. Il est important de savoir aussi qu’un séquenceur NGS peut séquencer uniquement 64 échantillons par semaine. Si le nombre d’échantillons est élevé, on passe au séquençage classique du gène S qui permet d’avoir les résultats en 24 h, voire 48 h», explique Pr Fahim. Par ailleurs, Pr Fahim a souligné qu’il existe déjà des tests PCR spécifiques à Omicron. «Il convient de les tester sur les variants circulant au Maroc, et de valider leur efficacité en les comparant avec le séquençage.

Une fois l’efficacité est prouvée, c’est à dire la concordance avec le séquençage est de 100% ou presque, on pourra aussi se baser sur la PCR spécifique pour déterminer le variant», a-t-il indiqué. Pour rappel, à l’heure où nous écrivons ces lignes, seuls 28 cas Omicron ont été confirmés au Maroc, pratiquement une semaine après la détection du premier cas. Mais d’après les scientifiques, la multiplication de ces chiffres n’est qu’une question de temps. Le temps nécessaire pour les analyses de séquençage de les confirmer. Il est même prévu qu’Omicron détrône le Delta avant la fin de l’année.

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