Les principales observations relevées par la Cour des comptes à l'issue de la mission de contrôle de la gestion de la formation continue dispensée par les universités font ressortir que même si l'université a connu une importante réforme avec la promulgation de la loi n° 01.00 portant organisation de l’enseignement supérieur, cette consécration législative «n’a pas été accompagnée par un dispositif réglementaire permettant l’encadrement et la promotion souhaités de cette mission».
La Cour des comptes a épinglé, dans son rapport annuel, les universités notamment pour leur recours «excessif» aux vacataires et l'accréditation de formations sans étude préalable du marché de l'emploi.
Par ailleurs, la Cour indique que ses travaux d'investigation ont permis de constater que la majorité des établissements universitaires se réfèrent, pour la fixation des frais de scolarité, à la tarification pratiquée en la matière dans des écoles privées offrant des formations similaires, critiquant «un manque d'objectivité» à cet égard.Ainsi, les tarifs des formations sont fixés en l’absence d’une évaluation des coûts globaux de l’activité, relève la Cour, ajoutant que cette situation a eu pour conséquence l’application de tarifs différents pour le même diplôme au sein d’un même établissement, et parfois pour des formations similaires, allant de 22.916 a 60.000 DH pour le diplôme Bac+5 (DN5), et de 11.800 a 30.000 DH pour le diplôme Bac+3 (DN3).Le document fait état, d'autre part, de plusieurs observations au niveau de l'encadrement pédagogique des élèves, dont le non-respect de la masse horaire réglementaire, la persistance du déficit et de l'excédent en enseignants dans les établissements scolaires ou encore le manque d’encadrement des enseignements de la part des inspecteurs pédagogiques et à travers la formation continue.