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Covid-19 : dépistage, séquençage, profil des cas Omicron... les précisions du Pr El Mustapha El Fahim

Nabila Bakkass Nabila Bakkass ,

Le processus de détection d'Omicron est enclenché auprès des personnes à risque, notamment celles qui étaient à l'étranger ou celles faisant partie d'un foyer épidémiologique.

Le processus de détection d'Omicron est enclenché auprès des personnes à risque, notamment celles qui étaient à l'étranger ou celles faisant partie d'un foyer épidémiologique.

Comme pour tous les autres variants de la Covid-19, la détection des nouveaux cas d’Omicron au Maroc passe par trois étapes, à savoir le test PCR, le criblage et le séquençage. Ces étapes sont déployées notamment en cas d’apparition d’un foyer familial, scolaire ou au sein des entreprises. Éclairages avec Pr El Mustapha El Fahim, directeur de la plateforme génomique fonctionnelle du CNRST

En moins d’une semaine, le Maroc a enregistré 28 cas confirmés d’Omicron et 46 suspects. Les scientifiques s’attendent à une augmentation fulgurante des nouveaux cas dans les semaines à venir. À ce stade, une question d’ordre scientifique mérite d’être posée : comment arrive-t-on à savoir si une personne est contaminée par Omicron ou par un autre variant ? Pr El Mustapha El Fahim, directeur de la plateforme génomique fonctionnelle du Centre national pour la recherche scientifique et technique (CNRST), nous indique qu’il s’agit d’un processus en trois étapes. «La première étape est dite classique et implique l’utilisation des tests PCR ou bien de tests antigéniques rapides pour vérifier si la personne est positive ou négative», explique l’expert. Si la personne est testée positive, ajoute-t-il, on passe à la deuxième étape dans laquelle on utilise ce que l’on appelle la PCR de criblage ou la PCR spécifique des variants. «Cette deuxième étape permet de détecter les mutations propres à chaque variant», note-t-il. La troisième, d’après l’expert, concerne le séquençage qui permet la confirmation des mutations. «En lisant toutes les mutations chez ce virus, on peut donc déterminer la signature de la mutation et celle-ci peut donner le nom du variant Omicron», clarifie-t-il. Autant dire que la détection du variant Omicron passe un processus bien structuré. Or force est de reconnaître qu’il serait difficile de l’appliquer à toute personne testée positive ou présentant des symptômes Covid-19. Interpellé à propos de ce point, Pr El Fahim nous indique que ces étapes sont réalisées chez les personnes à risque. Il s’agit notamment de celles qui arrivent de l’étranger ou lors de l’apparition de foyers épidémiques. Effectivement, parmi les cas confirmés par Omicron au Maroc, 20 ont été détectés dans 7 clusters familiaux, alors que 8 sont des cas isolés.

Et les enfants ?

Partant du principe que le variant Omicron touche aussi bien les adultes que les enfants, ces derniers devraient donc aussi être concernés par le dépistage. D’ailleurs, le ministère de la Santé et de la protection sociale indique que parmi les nouveaux cas Omicron figurent des enfants âgés entre 4 mois et 13 ans. Sur le plan purement scientifique, Dr Fahim explique que «généralement, les enfants sont épargnés par la Covid-19, du fait que le taux de récepteur ACE2 que le virus utilise pour entrer dans les cellules exprimées est très faible chez eux». En revanche, l’apparition des variants a complètement changé la donne. «Les variants acquièrent une certaine propriété, notamment l’augmentation de l’affinité par le récepteur, et donc avec des mutations, en particulier au niveau du RBD, qui est la partie de la Spike protéine que le virus utilise pour se fixer au récepteur, l’affinité pour le récepteur augmente, ce qui accroît le risque d'infection», note-t-il. Cela dit, avec une faible quantité de récepteurs et une affinité augmentée, même les enfants peuvent être infectés par certains variants, en particulier Omicron. Un constat qui pourrait ainsi remettre sur la table la question de la vaccination des 5-11 ans pour plus de protection. À l’heure où nous mettions sous presse, le Comité scientifique et technique de la vaccination n’a pas donné de recommandations particulières à propos de ce sujet.

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